• facebook
  • linkedin
  • Youtube

Tilkoma SARS-CoV-2 B.1.1.7 Ætt

Bandaríkin, 29. desember 202012. janúar 2021

Sumar E. Galloway, PhD 1 ;Prabasaj Paul, PhD 1 ;Duncan R. MacCannell, PhD 2;Michael A. Johansson, PhD 1 ;

John T. Brooks, læknir 1 ;Adam MacNeil, PhD 1 ;Rachel B. Slayton, PhD 1 ;Suxiang Tong, PhD 1 ;Benjamin J. Silk, PhD 1 ;Gregory L. Armstrong, læknir 2;

Matthew Biggerstaff, ScD 1 ;Vivien G. Dugan, PhD

Þann 15. janúar 2021 var þessi skýrsla birt sem MMWRSnemma útgáfu á vefsíðu MMWR (https://www.cdc.gov/mmwr).

Þann 14. desember 2020 tilkynnti BretlandSARS-CoV-2 afbrigði af áhyggjuefni (VOC), ætterni B.1.1.7,einnig nefnt VOC 202012/01 eða 20I/501Y.V1.* TheB.1.1.7 afbrigði er talið hafa komið fram í september2020 og hefur fljótt orðið ríkjandi í umferðSARS-CoV-2 afbrigði í Englandi (1).B.1.1.7 hefur veriðfundist í yfir 30 löndum, þar á meðal Bandaríkjunum.Semfrá 13. janúar 2021 hafa um það bil 76 tilvik B.1.1.7fundist í 12 ríkjum Bandaríkjanna.Margar vísbendingargefa til kynna að B.1.1.7 berist á skilvirkari hátt en erönnur SARS-CoV-2 afbrigði (13).Módelferillinn afþetta afbrigði í Bandaríkjunum sýnir öran vöxt snemma árs 2021,verða ríkjandi afbrigði í mars.AukinnSARS-CoV-2 smit gæti ógnað erfiðri heilsugæslufjármagn, krefjast víðtækrar og strangari framkvæmdaraf lýðheilsuáætlunum (4), og auka hlutfall afíbúaónæmi sem þarf til að halda heimsfaraldri.Að takaaðgerðir til að draga úr flutningi núna geta dregið úr möguleikumáhrif B.1.1.7 og leyfa mikilvægum tíma til að auka bólusetninguumfjöllun.Sameiginlega aukið erfðafræðilegt eftirlitásamt áframhaldandi fylgni við skilvirkan almenningheilbrigðisráðstafanir, þ.mt bólusetning, líkamleg fjarlægð,grímunotkun, handhreinsun og einangrun og sóttkvívera nauðsynlegt til að takmarka útbreiðslu SARS-CoV-2, vírusinssem veldur kransæðaveirusjúkdómi 2019 (COVID-19).Strategicpróf á einstaklingum án einkenna en í meiri hættu ásýkingu, eins og þeir sem verða fyrir SARS-CoV-2 eða hafatíð óhjákvæmileg samskipti við almenning, veitir annaðtækifæri til að takmarka áframhaldandi útbreiðslu.

Alþjóðlegt erfðafræðilegt eftirlit og hröð opinn uppspretta hlutdeildinnleiðing á erfðamengi veiru hefur auðveldað næstum rauntímauppgötvun, samanburð og rakningu á þróun SARS-CoV-2afbrigði sem geta upplýst lýðheilsuviðleitni til að stjórnaheimsfaraldur.Á meðan nokkrar stökkbreytingar í veiru erfðamengikoma fram og síðan hverfa, aðrir gætu veitt sértækan forskottaka til afbrigðisins, þar á meðal aukinn flutningsgetu, þannig aðslíkt afbrigði getur fljótt verið ráðandi í öðrum afbrigðum í dreifingu.

Snemma í heimsfaraldri, afbrigði af SARS-CoV-2 sem innihaldaD614G stökkbreytingin í spike (S) próteininu sem eykstviðtakabindingaráhugi varð fljótt ríkjandi hjá mörgumlandfræðileg svæði (5,6).Síðla hausts 2020 greindu mörg lönd frá því að hafa greintSARS-CoV-2 afbrigði sem dreifast á skilvirkari hátt.Auk þesstil B.1.1.7 afbrigðisins, áberandi afbrigði eru meðal annars B.1.351ætterni sem fyrst fannst í Suður-Afríku og nýlega greindB.1.1.28 undirflokkur (endurnefndurP.1) fannst hjá fjórum ferðamönnumfrá Brasilíu við hefðbundna skimun í Haneda (Tókýó)flugvöllur.§ Þessi afbrigði bera stjörnumerki af erfðafræðilegum stökkbreytingumþ.mt í S-próteinviðtakabindandi svæði,sem er nauðsynlegt til að bindast hýsilfrumunni angíótensín-umbreytir ensím-2 (ACE-2) viðtaka til að auðvelda veirufærslu.Vísbendingar benda til þess að aðrar stökkbreytingar sem finnast í þessumafbrigði gætu veitt ekki aðeins aukinn flutningsgetu heldurgæti einnig haft áhrif á frammistöðu sumra greiningar í rauntímaöfug umritunpólýmerasa keðjuverkun (RT-PCR)mælingarog draga úr næmi fyrir hlutleysandi mótefnum(2,3,510).Nýleg málskýrsla skjalfesti fyrsta tilfellið afSARS-CoV-2 endursýking í Brasilíu með SARS-CoV-2 afbrigðisem innihélt E484K stökkbreytinguna,** sem hefur verið sýnt fram átil að draga úr hlutleysingu með bata serum og einstofnamótefni (9,10).

Þessi skýrsla fjallar um tilkomu B.1.1.7 afbrigðisinsí Bandaríkjunum.Frá og með 12. janúar 2021, hvorkiB.1.351 né P.1 afbrigðin hafa fundist íBandaríkin.Fyrir upplýsingar um vaxandi SARS-CoV-2afbrigði af áhyggjum, CDC heldur úti vefsíðu tileinkaðveita upplýsingar um nýjar SARS-CoV-2 afbrigði.††

 B.1.1.7 ætterni (20I/501Y.V1)

B.1.1.7 afbrigðið ber stökkbreytingu í S próteininu(N501Y) sem hefur áhrif á sköpulag viðtakabindingarlén.Þetta afbrigði hefur 13 aðrar B.1.1.7 ættkvíslandi stökkbreytingar (tafla), þar af nokkrar í S próteininu,þar með talið brottfall í stöðu 69 og 70 (del6970) þaðþróast af sjálfu sér í öðrum SARS-CoV-2 afbrigðum og ersett fram tilgáta til að auka smithæfni (2,7).Eyðinginí stöðu 69 og 70 veldur S-gena markbilun (SGTF)í að minnsta kosti einum RT-PCRbyggt greiningarpróf (þ.e. meðThermoFisher Taq Path COVID-19 prófun, B.1.1.7 afbrigðimaur og önnur afbrigði með del6970 framleiða neikvættniðurstaða fyrir S-genamarkmið og jákvæð niðurstaða fyrir hin tvöskotmörk);SGTF hefur þjónað sem umboðsaðili í Bretlanditil að auðkenna B.1.1.7 tilvik (1).Margar vísbendingar benda til þess að B.1.1.7 sé meirasendur á skilvirkan hátt samanborið við önnur SARS-CoV-2afbrigði sem eru í umferð í Bretlandi.Bretland svæði meðhærra hlutfall B.1.1.7 raða hafði hraðari faraldurvöxt en á öðrum sviðum, sjúkdómsgreiningum með SGTF fjölgaðihraðar en ekki SGTF greiningar á sömu svæðum, og ahærra hlutfall tengiliða var sýkt af vísitölusjúklingummeð B.1.1.7 sýkingar en hjá vísitölusjúklingum sem smitast afönnur afbrigði (1,3).Afbrigði B.1.1.7 hefur möguleika á að auka US panlandamæraferli á næstu mánuðum.Til að sýna þessi áhrif,var þróað einfalt, tveggja afbrigða hólfalíkan.Núverandi algengi B.1.1.7 í Bandaríkjunum meðal allra sem eru í dreifinguvírusar eru óþekktar en talið er að þær séu <0,5% miðað viðtakmarkaður fjöldi tilvika sem greindust og SGTF gögn (8).Fyrirlíkanið, upphaflegar forsendur innihéldu B.1.1.7 algengiaf 0,5% meðal allra sýkinga, SARS-CoV-2 ónæmi gegnfyrri sýking 10%30%, tímabreytileg æxluntala (R t ) 1,1 (minnkuð en vaxandi sending)eða 0,9 (minnkandi smit) fyrir núverandi afbrigði og er tilkynnt um 60 tilfelli á hverja 100.000 einstaklinga á dag1. janúar 2021. Þessar forsendur sýna ekki nákvæmlegahvaða stað sem er í Bandaríkjunum, heldur gefa til kynna alhæfingu áaðstæður sem eru algengar um allt land.Breytingin á R t yfirtími sem stafar af áunnu ónæmi og vaxandi prevalensa af B.1.1.7, var gerð fyrirmynd, þar sem gert er ráð fyrir B.1.1.7 R tað vera fasti 1,5 sinnum R t af núverandi afbrigðum, miðað viðfyrstu áætlun frá Bretlandi (1,3).Næst voru möguleg áhrif bólusetningar gerð fyrirmyndmiðað við að 1 milljón bóluefnisskammtar hafi verið gefnir prdag sem hefst 1. janúar 2021, og að 95% friðhelgináðist 14 dögum eftir að hafa fengið 2 skammta.Nánar tiltekið,ónæmi gegn sýkingu með annað hvort núverandi afbrigðum eðaGert var ráð fyrir B.1.1.7 afbrigði, þó að virkni ogtímalengd verndar gegn sýkingu er enn óviss,vegna þess að þetta voru ekki aðal endapunktur klínískra rannsóknafyrir frumbóluefni.Í þessu líkani er algengi B.1.1.7 lágt í upphafi, en samt vegna þessþað er meira smitandi en eru núverandi afbrigði, það sýnirhraður vöxtur snemma árs 2021 og varð ríkjandi afbrigðimaur í mars (mynd 1).Hvort flutningur straumsafbrigði er að aukast (upphafs R t = 1,1) eða minnka hægt(upphafs R t = 0,9) í janúar, B.1.1.7 knýr verulega breytinguí flutningsferil og nýjum áfanga veldisvísisvöxtur.Með bólusetningu sem verndar gegn sýkingu, erFerðir snemma faraldurs breytast ekki og B.1.1.7 breiðist útá sér enn stað (mynd 2).Hins vegar, eftir að B.1.1.7 verður aðríkjandi afbrigði minnkaði flutningur þess verulega.Áhrif bólusetningar á að draga úr smiti í náinnitíma var mest í þeirri atburðarás sem sending var íþegar minnkandi (upphafs R t = 0,9) (Mynd 2).Snemma viðleitni aðgetur takmarkað útbreiðslu B.1.1.7 afbrigðisins, eins og alhliða ogaukið samræmi við aðferðir til að draga úr lýðheilsu,mun leyfa meiri tíma fyrir áframhaldandi bólusetningu til að ná hærraónæmi á íbúastigi.

Umræða

Eins og er er enginn þekktur munur á klínískum niðurstöðumtengd við lýst SARS-CoV-2 afbrigðum;þó,Hærri flutningshraði mun leiða til þess að fleiri tilfellum fjölgarfjöldi einstaklinga í heild sem þarfnast klínískrar umönnunar, aukningað draga úr álagi á þegar spennuþrungið heilbrigðiskerfi,og leiddi til fleiri dauðsfalla.Áframhaldandi erfðafræðilegt eftirlitað bera kennsl á B.1.1.7 tilvik, svo og tilkomu annarraafbrigði af áhyggjum í Bandaríkjunum, er mikilvægt fyrirCOVID-19 lýðheilsuviðbrögð.Þar sem SGTF niðurstöðurgetur hjálpað til við að bera kennsl á hugsanleg B.1.1.7 tilvik sem hægt er að staðfestameð raðgreiningu, auðkenna forgangsafbrigði sem ekki sýnaSGTF byggir eingöngu á raðbundnu eftirliti.

 

 

 

Afbrigði tilnefning

Fyrsta auðkenning  

Einkennandi stökkbreytingar

(prótein: stökkbreyting)

Fjöldi núverandi röð staðfestra mála Nr. af

lönd með

röð

Staðsetning Dagsetning Bandaríkin Um allan heim  
B.1.1.7 (20I/501Y.V1) Bretland sept 2020 ORF1ab: T1001I, A1708D, I2230T,

del36753677 SGF

S: del6970 HV, del144 Y, N501Y,

A570D, D614G, P681H, T761I,

S982A, D1118H

ORF8: Q27stop, R52I, Y73C

N: D3L, S235F

76 15.369 36
B.1.351 (20H/501Y.V2) Suður-Afríka október 2020 ORF1ab: K1655N

E: P71L

N: T205I

S:K417N, E484K, N501Y, D614G,

A701V

0 415 13

 

P.1 (20J/501Y.V3 Brasilíu og Japan janúar 2021 ORF1ab: F681L, I760T, S1188L,

K1795Q, del36753677 SGF, E5662D

S: L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S,

K417T, E484K, N501Y, D614G,

H655Y, T1027I

ORF3a: C174G

ORF8: E92K

ORF9: Q77E

ORF14: V49L

N: P80R

0 35 2

 

Skammstafanir: del = brottfall;E = hjúpprótein;N = núkleókapsíð prótein;ORF = opinn lestrarrammi;S = toppprótein.

Reynslan í Bretlandi og B.1.1.7 módelunumfram í þessari skýrslu sýna áhrifin meira smitandiafbrigði getur haft á fjölda tilfella í þýði.Theaukin sendingarhæfni þessa afbrigði krefst enn meiraströng sameinuð framkvæmd bólusetningar og mildunarráðstafanir (td fjarlægð, gríma og handhreinsun)til að hafa hemil á útbreiðslu SARS-CoV-2.Þessar ráðstafanir verðaáhrifaríkari ef þau eru sett fyrr en síðartil að hægja á upphaflegri útbreiðslu B.1.1.7 afbrigðisins.Viðleitni til aðundirbúa heilbrigðiskerfið fyrir frekari aukningu í tilfellumréttlætanlegt.Aukinn flutningsgeta þýðir einnig að hærribólusetningarþekju verður að ná en áætlað varná sama stigi sóttvarna til að vernda almenningsamanborið við afbrigði sem minna smitast.Í samvinnu við fræðimenn, atvinnulíf, ríki, landsvæði,ættbálka og staðbundnir samstarfsaðilar, CDC og aðrar alríkisstofnanireru að samræma og efla erfðafræðilegt eftirlit ogviðleitni til að lýsa vírusum víðsvegar um Bandaríkin.CDCsamræmir viðleitni bandarískrar raðgreiningar í gegnum SARS-CoV-2Röð fyrir neyðarviðbrögð lýðheilsu,Faraldsfræði og eftirlit (SHERES)§§samsteypu,sem felur í sér um það bil 170 þátttökustofnanir og stuðlar að opinni miðlun gagna til að auðvelda notkun SARS-CoV-2röð gagna.Til að fylgjast með SARS-CoV-2 veiruþróun er CDCinnleiða margþætt erfðafræðilegt eftirlit til að skiljafaraldsfræðilegu, ónæmisfræðilegu og þróunarferlisem móta veirusýkingu (fjölbreytileika);leiðbeina uppkomurannsóknir;og auðvelda uppgötvun og einkennimögulegar endursýkingar, bólusetningartilfelli ogveiruafbrigði sem eru að koma upp.Í nóvember 2020 stofnaði CDCNational SARS-CoV-2 stofneftirlitsáætluninni (NS3).til að bæta fulltrúa innlends SARS-CoV-2röð.Forritið er í samstarfi við 64 bandaríska almenningheilbrigðisrannsóknarstofur til að styðja við erfðafræðilegt eftirlitskerfi;NS3 er einnig að byggja upp safn af SARS-CoV-2 eintökum and röð til að styðja við lýðheilsuviðbrögð og vísindalegrannsóknir til að meta áhrif umræddra stökkbreytinga ánúverandi ráðlagðar læknisfræðilegar mótvægisaðgerðir.CDC hefureinnig samið við nokkur stór klínísk rannsóknarstofa í atvinnuskynitilraunir til að raða hratt tugum þúsunda SARS-CoV-2jákvæð sýni í hverjum mánuði og hefur styrkt sjö fræðimennstofnanir til að sinna erfðafræðilegu eftirliti í samstarfivið lýðheilsustofnanir og bætir þar með verulega viðaðgengi að tímanlegum erfðafræðilegum eftirlitsgögnum víðsvegarBandaríkin.Auk þessara landsframtaksmargar lýðheilsustofnanir ríkisins og sveitarfélaga eru að raða

MYND 1. Hermir tilvikatíðniferlar* núverandi SARS-CoV-2 afbrigða og B.1.1.7 afbrigðisins,að því gefnu að engin samfélagsbólusetning séog annað hvort upphafs Rt = 1,1 (A) eða upphafs Rt = 0,9 (B) fyrir núverandi afbrigðiBandaríkin, janúarapríl 2021

 

mynd 1
mynd 2
skammstafanir
mynd 1

SARS-CoV-2 til að skilja betur staðbundna faraldsfræði ogstyðja viðbrögð lýðheilsu við heimsfaraldrinum.Niðurstöðurnar í þessari skýrslu eru háðar að minnsta kosti þremur mörkumtations.Í fyrsta lagi umfang aukningar á sendingarhæfnií Bandaríkjunum samanborið við það sem sést íBretland er enn óljóst.Í öðru lagi, algengiB.1.1.7 í Bandaríkjunum er einnig óþekkt á þessari stundu, engreining á afbrigðum og mat á algengi mun batnameð auknu eftirliti Bandaríkjanna.Að lokum, staðbundin mitigamælikvarðar eru einnig mjög breytilegir, sem leiðir til breytileika íR t.Sértækar niðurstöður sem kynntar eru hér eru byggðar á hermiog gerði ráð fyrir engum breytingum á mótvægisaðgerðum fram yfir 1. janúar.Aukinn flutningsgeta B.1.1.7 afbrigðisstríðsinsgormar stranga framkvæmd lýðheilsuáætlana tildraga úr flutningi og draga úr hugsanlegum áhrifum B.1.1.7,að kaupa mikilvægan tíma til að auka bólusetningarþekjuna.CDC'Slíkanagögn sýna að alhliða notkun og aukin samræmimótvægisaðgerðir og bólusetning skipta sköpum fyrirdraga verulega úr fjölda nýrra tilfella og dauðsfalla í landinunæstu mánuði.Ennfremur stefnumótandi prófun á einstaklingum áneinkenni COVID-19, en sem eru í aukinni hættu á að fásýking af SARS-CoV-2, gefur annað tækifæri tiltakmarka áframhaldandi útbreiðslu.Sameiginlega, aukið erfðafræðilegt eftirlitlance ásamt auknu samræmi við lýðheilsumótvægisaðgerðir, þar með talið bólusetning, líkamleg fjarlægðnotkun, grímunotkun, handhreinsun og einangrun og sóttkví,verður nauðsynlegt til að takmarka útbreiðslu SARS-CoV-2 ogvernda lýðheilsu.

Viðurkenningar

Meðlimir raðgreiningar fyrir lýðheilsuneyðarSamtök um viðbrögð, faraldsfræði og eftirlit;ríki og sveitarfélöglýðheilsurannsóknarstofur;Samtök lýðheilsurannsóknastofa;CDC COVID-19 viðbragðsteymi;Útibú öndunarfæraveira,Deild veirusjúkdóma, CDC. Eyðublað ritstjóra læknablaðsins til að birta hugsanlegahagsmunaárekstra.Ekki var greint frá hugsanlegum hagsmunaárekstrum.

Heimildir

1. Lýðheilsa England.Rannsókn á nýju SARS-CoV-2 afbrigði: afbrigði af áhyggjum 202012/01, tæknileg kynning 3. London, Bretland: Public Health England;2020. https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/950823/Variant_of_Concern_VOC_202012_01_Technical_Briefing_3_-_England.pdf
2. Kemp SA, Harvey WT, Datir RP, o.fl.Endurtekin uppkoma og sending á SARS-CoV-2 toppeyðingu ΔH69/V70.bioRxiv[Forprentun sett á netinu 14. janúar 2021].https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.14.422555v4
3. Volz E, Mishra S, Chand M, o.fl.Sending SARS-CoV-2 ættar B.1.1.7 í Englandi: innsýn frá tengingu faraldsfræðilegra og erfðafræðilegra gagna.medRxiv [Forprent sett á netinu 4. janúar 2021].https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.30.20249034v2
4. Honein MA, Christie A, Rose DA, o.fl.;CDC COVID-19 viðbragðsteymi.Samantekt á leiðbeiningum um lýðheilsuáætlanir til að takast á við mikið magn smits í samfélaginu á SARS-CoV-2 og tengdum dauðsföllum, desember 2020. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2020;69:1860–7.PMID:33301434 https://doi.org/10.15585/949e.mm/mmwr
5. Volz E, Hill V, McCrone JT, o.fl.;COG-UK Consortium.Mat á áhrifum SARS-CoV-2 toppstökkbreytingar D614G á smithæfni og sjúkdómsvaldandi áhrif.Cell 2021;184:64–75.e11.PMID:33275900 https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.11.020
6. Korber B, Fischer WM, Gnanakaran S, et al.;Sheffield COVID-19 Genomics Group.Að fylgjast með breytingum á SARS-CoV-2 toppi: vísbendingar um að D614G eykur smitvirkni COVID-19 vírusins.Cell
2020;182:812–27.PMID:32697968 https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.06.043
7. McCarthy KR, Rennick LJ, Namnulli S, o.fl.Náttúrulegar úrfellingar í SARS-CoV-2 topp glýkóprótein drif mótefnaflótta.bioRxiv [Forprentun sett á netinu 19. nóvember 2020].https://www.biorxiv.org/content/
10.1101/2020.11.19.389916v18.Washington NL, White S, Schiabor KM, Cirulli ET, Bolze A, Lu JT.S genabrottfallsmynstur í SARS-CoV-2 prófum benda til útbreiðslu H69del/V70del stökkbreytingarinnar í Bandaríkjunum.medRxiv [Forprent sett á netinu 30. desember 2020].https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.24.20248814v1
9. Weisblum Y, Schmidt F, Zhang F, o.fl.Flýja frá hlutleysandi mótefnum með SARS-CoV-2 topppróteinafbrigðum.eLife 2020;9:e61312.PMID:33112236 https://doi.org/10.7554/eLife.61312
10. Greaney AJ, Loes AN, Crawford KHD, o.fl.Alhliða kortlagning á stökkbreytingum á SARS-CoV-2 viðtakabindandi svæði sem hafa áhrif á greiningu fjölstofna manna sermismótefna.bioRxiv [Forprentun sett á netinu 4. janúar 2021].https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.31.425021v1


Birtingartími: 11-feb-2021